Leider ging auch bei mir das Automatische Update auf die neue Version 1.7.1 nicht.
Deshalb musste ich die manuelle Variante wählen.

Hier kurz die Befehle die dazu nötig waren:

#update nach backup
cd /var/www/blix0r.de/htdocs/stats
cp config/config.ini.php .
wget http://piwik.org/latest.zip
unzip latest.zip
cp -R piwik/* .
cp -f config.ini.php config/config.ini.php
php /var/www/blix0r.de/htdocs/stats/index.php -- "module=CoreUpdater"

#aufräumen
rm -fR piwik/
rm latest.zip
chmod -R 755 ../stats/
chown -R www-data ../stats

Quelle:
http://piwik.org/update/#manual
http://dev.piwik.org/trac/ticket/1965
http://www.redirect301.de/thema/webanalytics/piwik